Chương trình hợp tác trên kéo dài từ năm 2016 - 2017 với mục tiêu góp phần hỗ trợ ngành y tế Việt Nam thực hiện có hiệu quả Chiến lược bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân giai đoạn 2011 - 2020, tầm nhìn đến năm 2030 theo Quyết định số 122/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 10/1/2013.
Cụ thể, Chương trình sẽ góp phần hỗ trợ giảm gánh nặng các bệnh truyền nhiễm, trong đó có HIV/AIDS, lao, sốt, rét, tiêm chủng thông qua các hoạt động hỗ trợ kỹ thuật, đối thoại chính sách, hợp tác liên ngành và theo dõi, đánh giá.
Đồng thời, Chương trình hỗ trợ việc triển khai Chiến lược quốc gia phòng, chống bệnh ung thư, tim mạch, đái tháo đường, bệnh phổi tắc nghẽn mạn tính, hen phế quản và các bệnh không lây nhiễm khác; góp phần hỗ trợ giảm tỉ lệ bệnh tật, tử vong và nâng cao sức khỏe bà mẹ, trẻ em, trẻ sơ sinh và người cao tuổi theo hướng năng động và lành mạnh; hỗ trợ tăng cường hệ thống y tế với các trọng tâm; góp phần hỗ trợ công tác chuẩn bị, giám sát và quản lý có hiệu quả các dịch bệnh nhằm đáp ứng các tình huống khẩn cấp về sức khỏe cộng đồng thông qua các hoạt động hỗ trợ kỹ thuật, xây dựng văn bản pháp lý và giám sát, ứng phó...