Đồng thời đề xuất phương án xử lý vấn đề sử dụng vốn vượt quá dự toán, báo cáo Chính phủ trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho phép sử dụng vốn theo tiến độ và cam kết với nhà tài trợ.
Phó Thủ tướng giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan rà soát, xây dựng kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020; xem xét, cơ cấu lại các ban quản lý dự án theo mô hình tổng công ty để có chức năng vay trả nợ.
Bộ Giao thông vận tải xây dựng thứ tự ưu tiên đầu tư trên cơ sở tính sẵn sàng của nguồn vốn và mức độ sẵn sàng của công tác chuẩn bị đầu tư. Tập trung ưu tiên cho các dự án quan trọng đang triển khai để sớm hoàn thành, không để phải gia hạn vốn vay.
Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Giao thông vận tải xác định cơ chế tài chính đối với các dự án đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông vận tải quan trọng không có khả năng thu hồi vốn trực tiếp.