Mức học phí của Trường ĐH Y Khoa Phạm Ngọc Thạch cụ thể như sau:
Theo đó học phí cho sinh viên năm thứ nhất ngành Răng Hàm Mặt, Dược học là 44 triệu đồng/năm học; Ngành Y đa khoa 42 triệu đồng/năm học.
Các ngành cử nhân Điều dưỡng, Dinh dưỡng, Kỹ thuật xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Khúc xạ nhãn khoa, Y tế công cộng, Kỹ thuật phục hồi chức năng là 28 triệu đồng/năm học.
Đối với sinh viên chính quy từ năm thứ 2 trở lên tất cả các ngành là 24,5 triệu đồng/năm học.
Đặc biệt, Trường ĐH Y khoa Phạm Ngọc Thạch công bố học phí các ngành đối tượng đào tạo dịch vụ, trong đó ngành Y Việt - Đức học phí là 190 triệu đồng/năm học.
Đối tượng đào tạo theo địa chỉ: khối ngành Y đa khoa 84,7 triệu đồng/năm học; khối các ngành Cử nhân 60,5 triệu đồng/năm học; Hệ đại học thuộc đối tượng chuyển trường 55 triệu đồng/năm học.