Theo Quyết định, kinh phí thực hiện các chính sách đặc thù (phần ngân sách nhà nước đảm bảo) trong phòng, chống dịch Covid-19 quy định tại Điều 1 Nghị quyết số 37/NQ-CP ngày 29/3/2020 của Chính phủ.
Kinh phí sửa chữa cơ sở vật chất, mua trang thiết bị y tế phục vụ cách ly tập trung và đơn vị điều trị cách ly phòng, chống dịch bệnh Covid-19 theo chỉ đạo của Ban Chỉ đạo quốc gia về phòng, chống dịch Covid-19 và hướng dẫn của Bộ Y tế.
Quyết định nêu rõ về cơ chế hỗ trợ từ ngân sách trung ương như sau: Đối với các tỉnh miền núi, Tây Nguyên, ngân sách trung ương hỗ trợ 70% mức NSNN thực chi theo quy định.
Đối với các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương còn lại: Các tỉnh, thành phố có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương từ 50% trở lên chủ động sử dụng dự phòng ngân sách địa phương để thực hiện.
Các tỉnh, thành phố có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương dưới 50%: Ngân sách trung ương hỗ trợ 30% phần hỗ trợ từ NSNN.
Các địa phương chưa tự cân đối được ngân sách còn lại thì ngân sách trung ương hỗ trợ 50% phần hỗ trợ từ NSNN.
Các địa phương sử dụng tối đa 50% nguồn dự phòng ngân sách địa phương, tối đa 70% Quỹ dự trữ tài chính cấp tỉnh để thực hiện phòng, chống dịch Covid-19.
Trường hợp các địa phương chi cho công tác phòng, chống dịch Covid-19 ở mức độ lớn, nếu phần ngân sách địa phương đảm bảo vượt quá nguồn lực của địa phương, gồm: 50% nguồn dự phòng ngân sách địa phương (bao gồm cả 3 cấp tỉnh, huyện, xã) và 70% Quỹ dự trữ tài chính địa phương thì ngân sách trung ương sẽ bổ sung thêm phần chênh lệch vượt quá nguồn lực của địa phương để các tỉnh, thành phố có đủ nguồn để thực hiện.
Quyết định nêu rõ, Bộ Tài chính căn cứ quy định tại Quyết định này và số thực chi từ NSNN hỗ trợ phòng, chống dịch gây ra do UBND cấp tỉnh tổng hợp, báo cáo, xem xét, hỗ trợ từ ngân sách trung ương cho từng địa phương và định kỳ báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả thực hiện. Trường hợp dịch bệnh xảy ra ở phạm vi lớn, ngân sách địa phương không đủ nguồn lực để thực hiện phòng, chống dịch, căn cứ đề nghị của UBND cấp tỉnh, Bộ Tài chính thực hiện bổ sung một phần kinh phí cho địa phương để thực hiện (tối đa 70% mức ngân sách trung ương hỗ trợ).
Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, căn cứ điều kiện thực tế và khả năng của ngân sách địa phương quyết định bổ sung thêm mức hỗ trợ kinh phí cho người bị cách ly y tế, người trực tiếp tham gia phòng chống dịch so với chế độ chi, mức chi theo quy định.