Nhà thần học thần bí
Năm ông 55 tuổi (1743), cuộc đời của Swedenborg qua một bước ngoặt. Cho đến khi qua đời vào tuổi 84, ông dần dần rời bỏ nghiên cứu khoa học mà dốc tâm vào thuyết thần bí và tôn giáo. Năm 57 tuổi, ông xin thôi tất cả các trách nhiệm chính quyền.
Ông cho biết: "Vào năm 1743, Chúa hiện ra với tôi, kẻ nô bộc của Người; Người đã mở mắt cho tôi thấy thế giới tâm linh. Người đã ban cho tôi, cho tới nay, khả năng giao tiếp với các thần linh và thiên thần". Mãi đến năm 1745, ông vẫn còn tiếp tục làm nốt một công trình khoa học. Nhưng từ năm 1736, ông đã cảm thấy mình ở một trạng thái hơi chóng mặt, thấy có lóe sáng, thiu thiu ngủ với cảm giác lâng lâng.
Về sau, những giấc mộng ghi lại trong Nhật ký những giấc mơ đã chuyển đề tài, mang màu sắc tình dục, nhưng khi thức thì tác giả lại không cảm thấy thèm muốn tình dục. Ngoài mộng, có lúc ông đã thấy những cảnh linh ảo trong khi xuất thần.
Swedenborg thấy Thượng đế ở khắp nơi. Sự sinh tồn, theo ông, là sự vươn lên cao của linh hồn, từng giai đoạn một tiến tới sự hoàn hảo tuyệt đối. Sự tiến triển tinh thần ấy xuất phát từ Thượng đế và Swedenborg muốn đưa con người trở lại với Thượng đế. Học thuyết của ông có một số điểm khiến người ta nghĩ tới nhà thần học và cổ sinh vật Pháp Teilhard de Chardin với thuyết tiến hóa phiếm thần luận.
Một luận điểm khác của Swedenborg là thuyết tương ứng. Ông cho là mọi thứ trần gian đều tương ứng với một thứ đúng như vậy trong lĩnh vực tinh thần và lĩnh vực thiêng liêng siêu nhiên của Chúa. Swedenborg phân biệt ba loại tương ứng: tương ứng hài hòa giữa vật chất và giác quan cùng trí tuệ, tương ứng biểu hiện nhằm vào những truyện biểu tượng của Kinh thánh và tương ứng ngụ ngôn bao gồm những truyền thuyết thời Thượng cổ, thơ ca tượng trưng và cả thế giới mộng mị. Chính thuyết tương ứng của Swedenborg đã khơi nguồn cảm hứng cho mạch thơ và nghệ thuật hiện đại.
Swedenborg miêu tả thế giới tâm linh trong nhiều tác phẩm. Tập Nhật ký những giấc mơ (Dromboken) mãi đến giữa thế kỷ XIX, khoảng mấy chục năm sau khi ông mất, mới được xuất bản. Tác giả ghi lại những giấc mơ và mộng ảnh trong giai đoạn khủng hoảng tâm linh ở Hà Lan.
Swedenborg cố gắng đoán mộng để tìm con đường thoát ra khỏi nơi tối tăm của tâm hồn. Trong tác phẩm nói trên, Swedenborg đã phát hiện ra tính chất phi lý tính và luôn luôn biến đổi của mộng mị, báo hiệu vở kịch Giấc mơ nổi tiếng của Strindberg và trào lưu hiện thực sau này. Những giấc mộng do ông ghi lại có thể sử dụng làm tư liệu nghiên cứu hiện đại, nhất là khi chúng có liên quan đến những công việc khoa học hàng ngày của ông.
Thí dụ như giấc mộng này: "... Sau đó tôi tới một nơi tứ phía có vực thẳm và tôi phải đi vòng. Rồi tôi đến một lùm cây tuyệt vời có những cây sung rất đẹp về hình dáng và cách sắp xếp; trên một cây, hình như còn lại những quả khô. Quanh lùm cây có những ngôi mộ, không phải về phía tôi. Tôi muốn đi qua một chiếc cầu ở trên một mảnh đất cao có cỏ, nhưng không dám vì nguy hiểm. Tôi thấy cách đấy không xa có một tòa lâu đài to đẹp mà tôi muốn ở một bên chái. Tôi nghĩ là tôi luôn nhìn thấy lùm cây và những nấm mồ. Có một cửa sổ mở xa tít ở một chái là nơi tôi muốn có phòng ở. Thế có nghĩa là vào ngày chủ nhật, tôi phải sống tâm linh, đó là lùm cây tuyệt vời. Tòa lâu đài hẳn phải là cấu trúc tác phẩm của tôi nhằm vào lùm cây mà tôi định gộp vào với lâu dài".
Trong những năm khủng hoảng tinh thần, Swedenborg còn viết một tác phẩm thuần túy văn học duy nhất De cultu et amore Dei (1745). Ông kể lại câu chuyện Chúa tạo ra vũ trụ. Thiên đường và con người đầu tiên xuất phát từ quả trứng của thế giới được tinh thần thánh linh làm cho thụ thai.
Những tác phẩm triết lý tôn giáo về sau cũng viết bằng tiếng Latinh thiên về miêu tả, nhưng cũng có nhiều hình ảnh tâm linh. Tập Diarium Spirituale là cuốn nhật ký tâm linh (xuất bản sau khi tác giả mất). Những tư tưởng thần linh của ông đều mang tính chất con người là trung tâm. Những hồn người chết vẫn tiếp tục sống với những nhiệm vụ xã hội như ở trần gian, nhưng dưới hình thức cao hơn, thuần khiết hơn. Tùy theo đạo đức, con người sẽ ở trên trời hay dưới địa ngục. Trời sẽ là một xã hội lý tưởng, nơi các hồn làm tuyền những việc có ích. Đó là một xã hội không tưởng vừa thực tế, vừa đầy nhân ái.
Swedenborg phản ánh những hoài bão của triết học ánh sáng, vừa muốn theo một hệ thống logic, vừa muốn có chủ nghĩa nhân đạo căn cứ vào lẽ phải thông thường, hoài bão ấy lại được thể hiện dưới hình thức thần bí. Ông miêu tả một địa ngục kinh khủng, đó là một thế giới vui trống rỗng và tuyệt vọng, những hình ảnh gợi lên khiến độc giả nghĩ đến tác phẩm bất hủ của Dante.
Năm 1771, Swedenborg đi Anh theo dõi việc in tác phẩm lớn cuối cùng của ông. Tháng Giêng năm sau, ở London, ông gặp John Wesley, Giáo chủ giáo phái Vệ lý (Methodism). Ông này sắp đi thuyết giáo và hẹn sẽ gặp lại Swedenborg sáu tháng sau. Swedenborg đáp: "Chúng ta sẽ không gặp nhau ở thế gian này, tôi đã chết ngày 29/3 năm nay". Quả nhiên, Swedenborg chết ở London đúng ngày đó.
Năm 1908, chính phủ Thụy Điển cho đưa hài cốt của ông về an táng ở nhà thờ lớn Uppsala. Hội Swedenborg được lập năm 1910 ở London đã xuất bản những tác phẩm của ông.