Việt Nam xây dựng thành công quy trình giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2

Theo dõi TGVN trên
Baoquocte.vn. Lần đầu tiên các nhà khoa học Việt Nam xây dựng thành công quy trình công nghệ giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật giải trình tự hệ gen đoạn dài PacBio, cho kết quả đạt độ chính xác 99,99%.

Quy trình công nghệ giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng hệ máy giải trình tự thế hệ mới PacBio là kết quả của đề tài khoa học được Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam giao Viện Công nghệ sinh học (CNSH) thực hiện, nhằm đáp ứng nhu cầu hỗ trợ xử lý dịch bệnh Covid-19 tại Việt Nam.

Với việc làm chủ công nghệ này, cho phép các nhà khoa học Việt Nam có thể giải trình tự hệ gen những đối tượng virus gây bệnh mới trong tương lai một cách nhanh chóng và chính xác, mà không cần hệ gen tham chiếu.

Cây phát sinh chủng loại gồm các chủng SARS-CoV-2 được thu thập tại Việt Nam cho đến ngày 1/4/2021. Tham chiếu MN908947.3 của NCBI cũng được đưa vào sử dụng làm so sánh (màu đen), trong khi đó các hệ gen SARS-CoV-2 do Viện CNSH giải và cung cấp được đưa vào so sánh (đóng khung đỏ). Các trình tự được tô màu theo phân loại GISAID. Cây phân loại cho thấy sự tiến hóa của SARS-CoV-2 cũng như thời điểm các chủng lần lượt xâm nhập vào Việt Nam.
Cây phát sinh chủng loại gồm các chủng SARS-CoV-2 được thu thập tại Việt Nam cho đến ngày 1/4. Tham chiếu MN908947.3 của NCBI cũng được đưa vào sử dụng làm so sánh (màu đen), trong khi đó các hệ gen SARS-CoV-2 do Viện CNSH giải và cung cấp được đưa vào so sánh (đóng khung đỏ). Các trình tự được tô màu theo phân loại GISAID. Cây phân loại cho thấy sự tiến hóa của SARS-CoV-2 cũng như thời điểm các chủng lần lượt xâm nhập vào Việt Nam. (Nguồn: VOV.VN)

GS.TS. Trương Nam Hải - Chủ nhiệm đề tài cho biết, Viện CNSH đã phối hợp với Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh và Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương (NIHE) xây dựng quy trình kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng công nghệ giải trình tự đoạn dài của PacBio, gồm 6 bước:

(1) Nuôi cấy và tách chiết ARN virus. (2) Tổng hợp cDNA sợi đôi từ ARN virus. Hai bước này được thực hiện tại Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh và NIHE trong điều kiện phòng sạch an toàn sinh học cấp III. (3) Chuẩn bị thư viện DNA để giải trình tự gen. (4) Giải trình tự toàn bộ hệ gen virus SARS-CoV-2. (5) Lắp ráp de novo hệ gen virus. (6) Chú giải và phân tích hệ gen virus. Bốn bước sau thực hiện tại Viện CNSH trong khoảng 48h.

Cũng theo GS.TS. Trương Nam Hải, tại Việt Nam, để giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2, các đơn vị trong nước sử dụng công nghệ giải trình tự đoạn ngắn. Sau đó lắp ráp và tham chiếu với hệ gen trước đó. Công nghệ này mất nhiều thời gian để đọc được trọn vẹn hệ gen (3-4 ngày) và vẫn có sai sót trong khi đọc.

"Một số đơn vị khác có thể giải trình tự bằng thiết bị thế hệ mới dựa trên nguyên lý giải trình tự các đoạn ngắn. Tức là họ giải trình tự các đoạn ngắn, sau đó lắp ráp các đoạn này với nhau thành đoạn dài để giải trình tự của một hệ gen.

Và để giải trình tự đó thì hiện nay các đơn vị phải sử dụng trình tự tham chiếu mà đã giải trước đó (như trước đó Trung Quốc là quốc gia đã giải trình tự thành công chủng ở Vũ Hán). Sau khi giải các đoạn ngắn xong thì dùng trình tự tham chiếu để lắp lên thành hệ gen của chủng mà mình đang đi giải trình tự.

Cách làm này thường lâu, giải trình tự đoạn ngắn thường rất khó để đọc được trọn vẹn hệ gen một cách đầy đủ, nên nhiều khi phải sử dụng thêm một trình tự nữa là giải trình tự sanger để đọc đầy đủ nhất hệ gen mà mình quan tâm. Bên cạnh đó, phương pháp này cũng có các lỗi đọc, nên việc chỉnh sửa nó cũng mất thêm thời gian"- GS Trương Nam Hải cho biết thêm.

Đề tài này đã giải trình tự toàn bộ hệ gen của bốn chủng virus SARS-CoV-2, với chiều dài trên 29500 nucleotide/hệ gen. Kết quả lắp ráp hệ gen cho thấy, không có lỗi đọc hay đoạn trống, kết quả giải trình tự đạt độ chính xác 99,99%.

Đây là thiết bị duy nhất ở Việt Nam hiện nay, nó không phải đọc đoạn ngắn, mà đọc đoạn dài. Đọc đoạn ngắn thì chỉ đọc 100-200 nucleotide/đoạn, sau đó phải lắp ráp thành hệ gen đầy đủ. Nhưng giải đoạn dài thì có thể đọc hàng nghìn, hàng chục nghìn nucleotide/đoạn và việc đọc đoạn dài thì khi lắp ráp để ra một hệ gen đơn giản và chính xác hơn. Độ chính xác tương đương 99,99%- tức là lỗi đọc hầu như không có, lắp ráp rất nhanh. Thời gian để giải trình tự, lắp ráp, phân tích thì mất khoảng 2 ngày là có thể xong hệ gen của một virus.

Với việc xây dựng và làm chủ kỹ thuật giải trình tự hệ gen đoạn dài của PacBio đối với virus SARS-CoV-2, cho phép các nhà khoa học Việt Nam có thể giải trình tự những đối tượng virus gây bệnh mới trong tương lai mà không cần hệ gen tham chiếu.

Dữ liệu giải trình tự hệ gen góp phần vào việc xác định nguồn gốc virus và số lượng nguồn lây (F0) trong các ổ dịch, là cơ sở khoa học, thông tin quan trọng trong xây dựng chiến lược, phương án phòng, chống hiệu quả sự lây lan của virus trong cộng đồng.

PGS.TS. Hà Quý Quỳnh- Trưởng ban Ứng dụng và triển khai công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và công nghệ Việt Nam nhấn mạnh: "Việc nghiên cứu thành công quy trình công nghệ giải mã gen virus SARS-CoV-2 thì đã góp phần cùng với phác đồ điều trị để mà chúng ta có thể dập được dịch.

Cụ thể, việc giải mã trình tự gen cùng với truy vết cho phép chúng ta xác định nguồn gốc lây lan của virus – các F0, từ đó có cơ sở khoa học để chúng ta khoanh vùng, cách ly số người liên quan và có cơ sở khoa học để triển khai các phác đồ điều trị tối ưu".

Với việc làm chủ quy trình công nghệ, năng lực và điều kiện hiện có, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam cũng cho biết, sẵn sàng tham gia hợp tác với các đơn vị ngành y tế trong việc giải trình tự hệ gen của virus SARS-CoV-2 với quy mô lớn trong các trường hợp cấp bách, nhằm phục vụ hiệu quả công tác phòng chống dịch Covid-19.

TIN LIÊN QUAN
'Ốc đảo khỏe mạnh' ở Brazil là minh chứng cho sự hiệu quả của vaccine ngừa Covid-19
Covid-19 tái bùng phát ở châu Á: Nạn nhân bởi chính thành công của mình?
Covid-19 ở Việt Nam trưa 1/6: Thêm 50 ca mắc mới trong nước; Phát hiện mắt xích liên hệ hai chuỗi lây nhiễm tại TP. Hồ Chí Minh
Virus SARS-CoV-2 có thể xâm nhập vào bộ gen người hay không?
Covid-19: Tại sao WHO thay đổi cách gọi tên biến thể của virus SARS-CoV-2?
(theo Tạ Lan/VOV.VN)

Bài viết cùng chủ đề

Covid-19

Đọc thêm

Doanh nhân Cấn Tất Lâm: Người tâm huyết với sản phẩm trị nám

Doanh nhân Cấn Tất Lâm: Người tâm huyết với sản phẩm trị nám

Baoquocte.vn. Ông Cấn Tất Lâm - Giám đốc Công ty TNHH Thương mại Dịch vụ Minh Châu Việt Nam chia sẻ về chặng đường trưởng thành và phát triển của doanh ...
Bộ trưởng Ngoại giao Bùi Thanh Sơn nêu 3 vấn đề quan trọng cần quan tâm để châu Á-Thái Bình Dương phục hồi

Bộ trưởng Ngoại giao Bùi Thanh Sơn nêu 3 vấn đề quan trọng cần quan tâm để châu Á-Thái Bình Dương phục hồi

Baoquocte.vn. Bộ trưởng Ngoại giao Bùi Thanh Sơn đã dự và phát biểu tại Hội nghị cao cấp trực tuyến khu vực châu Á-Thái Bình Dương về hợp tác Vành đai ...
Kết nối doanh nghiệp trong nước với doanh nghiệp kiều bào vượt qua đại dịch Covid-19

Kết nối doanh nghiệp trong nước với doanh nghiệp kiều bào vượt qua đại dịch Covid-19

Baoquocte.vn. Buổi làm việc trực tuyến đã được tổ chức nhằm kết nối giữa Hội Doanh nhân Tư nhân Việt Nam và với Liên hiệp các Hội doanh nghiệp Việt Nam ...
Lịch âm 24/6 - Xem âm lịch hôm nay thứ 5 ngày 24/6/2021 chính xác nhất - Lịch vạn niên 24/6/2021

Lịch âm 24/6 - Xem âm lịch hôm nay thứ 5 ngày 24/6/2021 chính xác nhất - Lịch vạn niên 24/6/2021

Baoquocte.vn. Lịch âm 24/6. Âm lịch hôm nay 24/6. Xem âm lịch hôm nay ngày 24/6/2021 chính xác nhất. Lịch vạn niên ngày 24 tháng 6 năm 2021 hôm nay.
Tiêm liều vaccine Covid-19 tăng cường, liệu có cần thiết?

Tiêm liều vaccine Covid-19 tăng cường, liệu có cần thiết?

Baoquocte.vn. Các nhà khoa học đang đặt ra rất nhiều câu hỏi về việc tiêm mũi vaccine Covid-19 thứ ba nhằm tăng cường cho hệ miễn dịch, tuy nhiên hiện vẫn ...
Hoạt động của Bộ trưởng Ngoại giao nước ngoài đầu tiên thăm Việt Nam trong năm 2021

Hoạt động của Bộ trưởng Ngoại giao nước ngoài đầu tiên thăm Việt Nam trong năm 2021

Baoquocte.vn. Bộ trưởng Ngoại giao Singapore Vivian Balakrishnan kết thúc chuyến thăm chính thức Việt Nam từ ngày 21-22/6.
Tử vi hôm nay - Xem tử vi 12 con giáp 24/6/2021: Tuổi Sửu kinh doanh có nhiều tài lộc, tuổi Mùi gia đình đang bị rạn nứt

Tử vi hôm nay - Xem tử vi 12 con giáp 24/6/2021: Tuổi Sửu kinh doanh có nhiều tài lộc, tuổi Mùi gia đình đang bị rạn nứt

Baoquocte.vn. Tử vi hôm nay 24/6/2021, tử vi 12 con giáp - tuổi Tí, Sửu, Dần, Mão, Thìn, Tỵ, Ngọ, Mùi, Thân, Dậu, Tuất và Hợi về công việc, tài lộc...
Tử vi 12 cung hoàng đạo Thứ Năm ngày 24/6/2021: Kim Ngưu bị lừa tiền, Xử Nữ đừng hãm hại người khác

Tử vi 12 cung hoàng đạo Thứ Năm ngày 24/6/2021: Kim Ngưu bị lừa tiền, Xử Nữ đừng hãm hại người khác

Baoquocte.vn. Tử vi hôm nay 24/6 của 12 cung hoàng đạo - Ma Kết, Bảo Bình, Song Ngư, Bạch Dương, Kim Ngưu, Song Tử, Cự Giải, Sư Tử, Xử Nữ, Thiên ...
Nước cờ của ông Biden trên bàn cờ chiến lược Nga-Mỹ-Trung Quốc-EU

Nước cờ của ông Biden trên bàn cờ chiến lược Nga-Mỹ-Trung Quốc-EU

Baoquocte.vn. Thượng đỉnh Biden-Putin không chỉ định hướng quan hệ hai nước mà còn tác động cục diện Nga-Mỹ-Trung Quốc-EU.
Tin thế giới 23/6: Mỹ gỡ tất cả trừng phạt với dầu mỏ Iran, xóa sạch hơn 1.000 lệnh; Nga ném bom đuổi tàu Anh; tình hình châu Âu là 'ngòi nổ'?

Tin thế giới 23/6: Mỹ gỡ tất cả trừng phạt với dầu mỏ Iran, xóa sạch hơn 1.000 lệnh; Nga ném bom đuổi tàu Anh; tình hình châu Âu là 'ngòi nổ'?

Baoquocte.vn. Quan hệ Mỹ-Iran, Hội nghị An ninh quốc tế Moscow, Anh ném bom cảnh cáo tàu Anh trên Biển Đen, quan hệ Mỹ-Trung... là một số tin thế giới nổi ...
Thượng đỉnh Nga-Mỹ: Cấp cao ở mức độ thấp

Thượng đỉnh Nga-Mỹ: Cấp cao ở mức độ thấp

Baoquocte.vn. Thượng đỉnh Nga-Mỹ diễn ra trong không khí không thù địch nhau nhưng cũng không thân thiện. Họ phấn đấu đạt được cái tối thiểu. TG&VN phân tích.
Thượng đỉnh Nga-Mỹ: Chưa khai thông, không đột phá

Thượng đỉnh Nga-Mỹ: Chưa khai thông, không đột phá

Baoquocte.vn. Cuộc gặp Thượng đỉnh Nga-Mỹ là cuộc gặp đầu tiên của ông Biden với ông Putin trên cương vị Tổng thống. Sự kiện được dư luận đặc biệt quan tâm. TG&VN phân tích.
Trung Đông, Vùng Vịnh và Bắc Phi: Thay trọng tâm, đổi định hướng

Trung Đông, Vùng Vịnh và Bắc Phi: Thay trọng tâm, đổi định hướng

Baoquocte.vn. Điểm nóng Trung Đông, với diễn biến chiến sự ác liệt giữa Israel và Hamas, gợi mở điều gì khi muốn nhận diện chính sách đối ngoại của ông Biden? Phân tích.
Chuyện gì đang diễn ra ở Trung Đông? Bản chất cũ trong bối cảnh mới

Chuyện gì đang diễn ra ở Trung Đông? Bản chất cũ trong bối cảnh mới

Baoquocte.vn. Trung Đông lại chứng kiến bùng phát cuộc xung đột Israel-Palestine. Tại sao lại lúc này và rồi triển vọng sẽ thế nào? Báo TG&VN phân tích.
Mỹ-Iran và hồ sơ hạt nhân Iran: Ánh sáng cuối đường hầm

Mỹ-Iran và hồ sơ hạt nhân Iran: Ánh sáng cuối đường hầm

Baoquocte.vn. Mâu thuẫn Mỹ-Iran sẽ thế nào dưới thời của Tổng thống Biden? Qua 100 ngày cầm quyền của ông Biden, số phận của JCPOA có triển vọng ra sao? Báo TG&VN phân tích.
Căng thẳng Nga-Ukraine: Kịch bản cũ, ác mộng xưa

Căng thẳng Nga-Ukraine: Kịch bản cũ, ác mộng xưa

Baoquocte.vn. Căng thẳng gia tăng trong quan hệ Nga-Ukraine đặt ra câu hỏi liệu kịch bản cũ của Crimea có trở lại? Chủ ý và ý đồ của các bên là gì? TG&VN phân tích.
Ngoại trưởng Mỹ thăm châu Âu: Sứ mệnh 've vãn' đồng minh đối phó với Trung Quốc?

Ngoại trưởng Mỹ thăm châu Âu: Sứ mệnh 've vãn' đồng minh đối phó với Trung Quốc?

Baoquocte.vn. Ngoại trưởng Mỹ Anthony Blinken quay trở lại châu Âu để gây dựng sự thống nhất của phương Tây nhằm chống lại một Trung Quốc đang trỗi dậy.
Thành công 'thực dụng' của ông Biden tại thượng đỉnh Nga-Mỹ*

Thành công 'thực dụng' của ông Biden tại thượng đỉnh Nga-Mỹ*

Baoquocte.vn. Hội nghị thượng đỉnh Nga-Mỹ thành công nhờ chính chủ nghĩa thực dụng bởi duy trì ổn định mối quan hệ này không chỉ dựa trên lợi ích của Washington mà còn của cả Moscow.
Mỹ lên 'Kế hoạch Thái Bình Dương mới' nhắm trọng tâm vào Trung Quốc

Mỹ lên 'Kế hoạch Thái Bình Dương mới' nhắm trọng tâm vào Trung Quốc

Baoquocte.vn. Truyền thông Mỹ tiết lộ Lầu Năm Góc đang xem xét xây dựng một 'lực lượng thường trực' - hiện diện hải quân lâu dài - ở Tây Thái Bình Dương.
Thổ Nhĩ Kỳ và mối quan hệ 'không thể chối từ' với Nga

Thổ Nhĩ Kỳ và mối quan hệ 'không thể chối từ' với Nga

Baoquocte.vn. Rạn nứt trong quan hệ với Mỹ và những lợi ích kinh tế quá lớn với Nga là những nguyên nhân chính khiến Thổ Nhĩ Kỳ muốn trở thành đối tác của Nga
Ngoại giao ‘lối cũ’ của ông Joe Biden tại châu Âu

Ngoại giao ‘lối cũ’ của ông Joe Biden tại châu Âu

Baoquocte.vn. Trong chuyến công du đầu tiên, ông Joe Biden đã cải thiện quan hệ đồng minh, đàm phán cùng đối thủ với phong cách ngoại giao ‘lối cũ’ của mình.
5 gạch đầu dòng từ thượng đỉnh Nga-Mỹ: Nâng tầm ông Putin, khác biệt với ông Trump và còn gì nữa?

5 gạch đầu dòng từ thượng đỉnh Nga-Mỹ: Nâng tầm ông Putin, khác biệt với ông Trump và còn gì nữa?

Baoquocte.vn. Hội nghị thượng đỉnh giữa Tổng thống Mỹ Joe Biden với người đồng cấp Nga Vladimir Putin đã diễn ra và dưới đây là 5 điều trang CNN rút ra.
Phiên bản di động