Việt Nam xây dựng thành công quy trình giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2

Lần đầu tiên các nhà khoa học Việt Nam xây dựng thành công quy trình công nghệ giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật giải trình tự hệ gen đoạn dài PacBio, cho kết quả đạt độ chính xác 99,99%.
Theo dõi Baoquocte.vn trên

Quy trình công nghệ giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng hệ máy giải trình tự thế hệ mới PacBio là kết quả của đề tài khoa học được Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam giao Viện Công nghệ sinh học (CNSH) thực hiện, nhằm đáp ứng nhu cầu hỗ trợ xử lý dịch bệnh Covid-19 tại Việt Nam.

Với việc làm chủ công nghệ này, cho phép các nhà khoa học Việt Nam có thể giải trình tự hệ gen những đối tượng virus gây bệnh mới trong tương lai một cách nhanh chóng và chính xác, mà không cần hệ gen tham chiếu.

Cây phát sinh chủng loại gồm các chủng SARS-CoV-2 được thu thập tại Việt Nam cho đến ngày 1/4/2021. Tham chiếu MN908947.3 của NCBI cũng được đưa vào sử dụng làm so sánh (màu đen), trong khi đó các hệ gen SARS-CoV-2 do Viện CNSH giải và cung cấp được đưa vào so sánh (đóng khung đỏ). Các trình tự được tô màu theo phân loại GISAID. Cây phân loại cho thấy sự tiến hóa của SARS-CoV-2 cũng như thời điểm các chủng lần lượt xâm nhập vào Việt Nam.
Cây phát sinh chủng loại gồm các chủng SARS-CoV-2 được thu thập tại Việt Nam cho đến ngày 1/4. Tham chiếu MN908947.3 của NCBI cũng được đưa vào sử dụng làm so sánh (màu đen), trong khi đó các hệ gen SARS-CoV-2 do Viện CNSH giải và cung cấp được đưa vào so sánh (đóng khung đỏ). Các trình tự được tô màu theo phân loại GISAID. Cây phân loại cho thấy sự tiến hóa của SARS-CoV-2 cũng như thời điểm các chủng lần lượt xâm nhập vào Việt Nam. (Nguồn: VOV.VN)

GS.TS. Trương Nam Hải - Chủ nhiệm đề tài cho biết, Viện CNSH đã phối hợp với Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh và Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương (NIHE) xây dựng quy trình kỹ thuật giải trình tự toàn bộ hệ gen virus SARS-CoV-2 bằng công nghệ giải trình tự đoạn dài của PacBio, gồm 6 bước:

(1) Nuôi cấy và tách chiết ARN virus. (2) Tổng hợp cDNA sợi đôi từ ARN virus. Hai bước này được thực hiện tại Viện Pasteur TP. Hồ Chí Minh và NIHE trong điều kiện phòng sạch an toàn sinh học cấp III. (3) Chuẩn bị thư viện DNA để giải trình tự gen. (4) Giải trình tự toàn bộ hệ gen virus SARS-CoV-2. (5) Lắp ráp de novo hệ gen virus. (6) Chú giải và phân tích hệ gen virus. Bốn bước sau thực hiện tại Viện CNSH trong khoảng 48h.

Cũng theo GS.TS. Trương Nam Hải, tại Việt Nam, để giải trình tự hệ gen virus SARS-CoV-2, các đơn vị trong nước sử dụng công nghệ giải trình tự đoạn ngắn. Sau đó lắp ráp và tham chiếu với hệ gen trước đó. Công nghệ này mất nhiều thời gian để đọc được trọn vẹn hệ gen (3-4 ngày) và vẫn có sai sót trong khi đọc.

"Một số đơn vị khác có thể giải trình tự bằng thiết bị thế hệ mới dựa trên nguyên lý giải trình tự các đoạn ngắn. Tức là họ giải trình tự các đoạn ngắn, sau đó lắp ráp các đoạn này với nhau thành đoạn dài để giải trình tự của một hệ gen.

Và để giải trình tự đó thì hiện nay các đơn vị phải sử dụng trình tự tham chiếu mà đã giải trước đó (như trước đó Trung Quốc là quốc gia đã giải trình tự thành công chủng ở Vũ Hán). Sau khi giải các đoạn ngắn xong thì dùng trình tự tham chiếu để lắp lên thành hệ gen của chủng mà mình đang đi giải trình tự.

Cách làm này thường lâu, giải trình tự đoạn ngắn thường rất khó để đọc được trọn vẹn hệ gen một cách đầy đủ, nên nhiều khi phải sử dụng thêm một trình tự nữa là giải trình tự sanger để đọc đầy đủ nhất hệ gen mà mình quan tâm. Bên cạnh đó, phương pháp này cũng có các lỗi đọc, nên việc chỉnh sửa nó cũng mất thêm thời gian"- GS Trương Nam Hải cho biết thêm.

Đề tài này đã giải trình tự toàn bộ hệ gen của bốn chủng virus SARS-CoV-2, với chiều dài trên 29500 nucleotide/hệ gen. Kết quả lắp ráp hệ gen cho thấy, không có lỗi đọc hay đoạn trống, kết quả giải trình tự đạt độ chính xác 99,99%.

Đây là thiết bị duy nhất ở Việt Nam hiện nay, nó không phải đọc đoạn ngắn, mà đọc đoạn dài. Đọc đoạn ngắn thì chỉ đọc 100-200 nucleotide/đoạn, sau đó phải lắp ráp thành hệ gen đầy đủ. Nhưng giải đoạn dài thì có thể đọc hàng nghìn, hàng chục nghìn nucleotide/đoạn và việc đọc đoạn dài thì khi lắp ráp để ra một hệ gen đơn giản và chính xác hơn. Độ chính xác tương đương 99,99%- tức là lỗi đọc hầu như không có, lắp ráp rất nhanh. Thời gian để giải trình tự, lắp ráp, phân tích thì mất khoảng 2 ngày là có thể xong hệ gen của một virus.

Với việc xây dựng và làm chủ kỹ thuật giải trình tự hệ gen đoạn dài của PacBio đối với virus SARS-CoV-2, cho phép các nhà khoa học Việt Nam có thể giải trình tự những đối tượng virus gây bệnh mới trong tương lai mà không cần hệ gen tham chiếu.

Dữ liệu giải trình tự hệ gen góp phần vào việc xác định nguồn gốc virus và số lượng nguồn lây (F0) trong các ổ dịch, là cơ sở khoa học, thông tin quan trọng trong xây dựng chiến lược, phương án phòng, chống hiệu quả sự lây lan của virus trong cộng đồng.

PGS.TS. Hà Quý Quỳnh- Trưởng ban Ứng dụng và triển khai công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và công nghệ Việt Nam nhấn mạnh: "Việc nghiên cứu thành công quy trình công nghệ giải mã gen virus SARS-CoV-2 thì đã góp phần cùng với phác đồ điều trị để mà chúng ta có thể dập được dịch.

Cụ thể, việc giải mã trình tự gen cùng với truy vết cho phép chúng ta xác định nguồn gốc lây lan của virus – các F0, từ đó có cơ sở khoa học để chúng ta khoanh vùng, cách ly số người liên quan và có cơ sở khoa học để triển khai các phác đồ điều trị tối ưu".

Với việc làm chủ quy trình công nghệ, năng lực và điều kiện hiện có, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam cũng cho biết, sẵn sàng tham gia hợp tác với các đơn vị ngành y tế trong việc giải trình tự hệ gen của virus SARS-CoV-2 với quy mô lớn trong các trường hợp cấp bách, nhằm phục vụ hiệu quả công tác phòng chống dịch Covid-19.

TIN LIÊN QUAN
'Ốc đảo khỏe mạnh' ở Brazil là minh chứng cho sự hiệu quả của vaccine ngừa Covid-19
Covid-19 tái bùng phát ở châu Á: Nạn nhân bởi chính thành công của mình?
Covid-19 ở Việt Nam trưa 1/6: Thêm 50 ca mắc mới trong nước; Phát hiện mắt xích liên hệ hai chuỗi lây nhiễm tại TP. Hồ Chí Minh
Virus SARS-CoV-2 có thể xâm nhập vào bộ gen người hay không?
Covid-19: Tại sao WHO thay đổi cách gọi tên biến thể của virus SARS-CoV-2?
(theo Tạ Lan/VOV.VN)

Bài viết cùng chủ đề

Covid-19

Xem nhiều

Đọc thêm

Tử vi 12 cung hoàng đạo Thứ Ba ngày 26/11/2024: Thiên Bình có vận trình khá tốt

Tử vi 12 cung hoàng đạo Thứ Ba ngày 26/11/2024: Thiên Bình có vận trình khá tốt

Tử vi hôm nay 26/11/2024 của 12 cung hoàng đạo - Ma Kết, Bảo Bình, Song Ngư, Bạch Dương, Kim Ngưu, Song Tử, Cự Giải, Sư Tử, Xử Nữ, Thiên ...
Lịch âm hôm nay 2024: Xem lịch âm 26/11/2024, Lịch vạn niên ngày 26 tháng 11 năm 2024

Lịch âm hôm nay 2024: Xem lịch âm 26/11/2024, Lịch vạn niên ngày 26 tháng 11 năm 2024

Lịch âm 26/11. Lịch âm 26/11/2024? Âm lịch hôm nay 26/11. Lịch vạn niên 26/11/2024. Ngày hôm nay tốt hay xấu? Xem ngày giờ, hướng tốt xấu...
Đối ngoại trong tuần: Nâng cấp quan hệ với Malaysia lên Đối tác chiến lược toàn diện; Việt Nam trúng cử làm thành viên UNCITRAL nhiệm kỳ 2025-2031

Đối ngoại trong tuần: Nâng cấp quan hệ với Malaysia lên Đối tác chiến lược toàn diện; Việt Nam trúng cử làm thành viên UNCITRAL nhiệm kỳ 2025-2031

Báo TG&VN điểm lại một số hoạt động nổi bật của đối ngoại Việt Nam trong tuần từ 18-25/11.
Giá vàng hôm nay 26/11/2024: Giá vàng bất ngờ ‘quay xe’, chịu sức ép từ quyết định của ông Trump, vàng nhẫn và vàng miếng đồng loạt lao dốc

Giá vàng hôm nay 26/11/2024: Giá vàng bất ngờ ‘quay xe’, chịu sức ép từ quyết định của ông Trump, vàng nhẫn và vàng miếng đồng loạt lao dốc

Giá vàng hôm nay 26/11/2024, Giá vàng bất ngờ quay đầu giảm mạnh. Hai yếu tố gây sức ép lên kim loại quý. Giá vàng nhẫn, vàng miếng thuận đà ...
Giá tiêu hôm nay 26/11/2024: Thị trường chưa có dấu hiệu tác động mạnh, đà tăng vẫn được đánh giá cao

Giá tiêu hôm nay 26/11/2024: Thị trường chưa có dấu hiệu tác động mạnh, đà tăng vẫn được đánh giá cao

Giá tiêu hôm nay 26/11/2024 tại thị trường trong nước đi ngang ở một số địa phương trọng điểm, giao dịch từ 139.000 – 140.000 đồng/kg.
Vinh danh 22 tác phẩm khơi dậy tự hào dân tộc và khát vọng phát triển đất nước nơi biên cương

Vinh danh 22 tác phẩm khơi dậy tự hào dân tộc và khát vọng phát triển đất nước nơi biên cương

Ban tổ chức đã vinh danh 22 tác phẩm xuất sắc nhất của cuộc thi tham gia cuộc thi ảnh nghệ thuật 'Tự hào một dải biên cương'.
Kiến tạo lòng tin, thúc đẩy đối thoại

Kiến tạo lòng tin, thúc đẩy đối thoại

ADMM+ ngày càng thể hiện vai trò là nền tảng cho hợp tác trên thực tế và có ý nghĩa giữa ASEAN với các nước bên ngoài khu vực trong lĩnh vực an ninh.
Bước đi lịch sử tại Hội nghị thượng đỉnh G20

Bước đi lịch sử tại Hội nghị thượng đỉnh G20

Đánh thuế giới siêu giàu là một trong những chủ đề quan trọng tại Hội nghị thượng đỉnh Nhóm các nền kinh tế phát triển và mới nổi hàng đầu thế giới.
Thế giới sẽ thế nào khi ông Donald Trump trở lại Nhà Trắng

Thế giới sẽ thế nào khi ông Donald Trump trở lại Nhà Trắng

Trở lại Nhà Trắng một cách mạnh mẽ, áp đảo, Tổng thống đắc cử Donald Trump sẽ 'đối đãi' với thế giới như thế nào trong nhiệm kỳ 2.0 vẫn là câu hỏi bỏ ngỏ.
Tuần lễ cấp cao APEC 2024: Thúc đẩy nguyên tắc đa phương

Tuần lễ cấp cao APEC 2024: Thúc đẩy nguyên tắc đa phương

Không chỉ thúc đẩy hợp tác khu vực, Tuần lễ cấp cao APEC từ 10 đến 16/11 tại Peru còn là cơ hội để thúc đẩy các nguyên tắc đa phương.
Israel-Iran: Trả đũa trong tính toán

Israel-Iran: Trả đũa trong tính toán

Israel tiến hành tập kích đường không vào nhiều mục tiêu ở Iran. Đợt tấn công trả đũa của Israel có những điểm đáng chú ý và đặt ra nhiều vấn đề.
Phần Lan-Trung Quốc: Van giảm áp

Phần Lan-Trung Quốc: Van giảm áp

Không chỉ thúc đẩy quan hệ song phương, chuyến thăm Trung Quốc của Tổng thống Phần Lan còn góp phần ổn định quan hệ Trung Quốc EU...
Tổng thống Mỹ Biden và 'nước cờ cuối' củng cố di sản, tạo không gian để ông Trump trổ tài 'bậc thầy thương thuyết'

Tổng thống Mỹ Biden và 'nước cờ cuối' củng cố di sản, tạo không gian để ông Trump trổ tài 'bậc thầy thương thuyết'

Tổng thống Mỹ Joe Biden vẫn nỗ lực nhằm thay đổi cục diện xung đột Nga-Ukraine và Trung Đông, tuy nhiên, sẽ chỉ là 'muối bỏ bể'.
Chuyên gia Thái Lan: Chuyến thăm Malaysia của Tổng Bí thư Tô Lâm thể hiện cách tiếp cận lấy ASEAN làm trung tâm

Chuyên gia Thái Lan: Chuyến thăm Malaysia của Tổng Bí thư Tô Lâm thể hiện cách tiếp cận lấy ASEAN làm trung tâm

Theo chuyên gia Thái Lan, chuyến thăm Malaysia của Tổng Bí thư Tô Lâm diễn ra khi 2 quốc gia ASEAN đang điều hướng thay đổi địa chính trị nhanh chóng.
Một Iran 'rất khác' sẽ khiến ông Trump phải đau đầu!

Một Iran 'rất khác' sẽ khiến ông Trump phải đau đầu!

Rất có thể chính sách 'gây áp lực tối đa' của Tổng thống đắc cử Donald Trump sẽ không còn tác dụng với Iran khi ở thời điểm hiện nay.
Ông Donald Trump 'tái xuất': Cục diện Nam bán cầu có đảo chiều?

Ông Donald Trump 'tái xuất': Cục diện Nam bán cầu có đảo chiều?

Sự trở lại của ông Donald Trump không chỉ đánh dấu bước ngoặt trong chính trị Mỹ mà còn hứa hẹn ảnh hưởng sâu rộng đến khu vực Nam bán cầu.
'Hạt hòa bình' gieo mầm ngoại giao nông sản Mỹ-Trung

'Hạt hòa bình' gieo mầm ngoại giao nông sản Mỹ-Trung

Nhóm các nhà nghiên cứu Mỹ và Trung Quốc đang tiến hành dự án 'hạt hòa bình' nhằm thúc đẩy cân bằng thương mại nông nghiệp giữa hai nước.
Xung đột Nga-Ukraine: Đoán ý đồ người kế nhiệm, Tổng thống Biden đi thêm nước cờ 'một mũi tên trúng hai đích'

Xung đột Nga-Ukraine: Đoán ý đồ người kế nhiệm, Tổng thống Biden đi thêm nước cờ 'một mũi tên trúng hai đích'

Mặc dù sắp mãn nhiệm nhưng Tổng thống Mỹ Joe Biden đã có một quyết định quan trọng liên quan đến xung đột Nga-Ukraine.
Phiên bản di động