Nghĩa thứ nhất để chỉ chế phẩm chứa các enzym (còn gọi diếu tố) giúp tiêu hóa thức ăn, dùng từ men tiêu hóa là đúng. Từ miệng có dịch tiêu hóa là nước bọt chứa amylase (tiêu hóa tinh bột); còn ở dạ dày tiết ra dịch vị chứa acid clorhydric và pepsin (tiêu hóa protein); trong đường ruột có dịch tụy, dịch mật, gọi chung là dịch ruột chứa nhiều enzym như amylase (tiêu hóa tinh bột), lipase (tiêu hóa chất béo), trypsin (tiêu hóa chất đạm)... giúp hoàn tất việc tiêu hóa thức ăn thức uống; khi thiếu sẽ sinh ra khó tiêu, đầy bụng.
Không dùng dài ngày
Một số thức ăn hằng ngày có thể hỗ trợ tiêu hóa nhờ kích thích bài tiết các men tiêu hóa như một số gia vị thường dùng (gừng, hành tỏi, tiêu, ớt...), một số khác cung cấp chính enzym tiêu hóa thức ăn (đu đủ, khóm tức thơm, sản phẩm lên men...). Để bổ sung men tiêu hóa với thành phần là các enzym, người ta làm ra các chế phẩm là thuốc. Thí dụ như Neopeptine là thuốc chứa các loại men tiêu hóa như amylase, papaine (enzym có trong đu đủ xanh) và chất chống đầy hơi là simethicone, có tác dụng trị chứng ăn khó tiêu, đầy bụng, đặc biệt có dạng thuốc uống nhỏ giọt thích hợp cho trẻ con.
Lưu ý khi bổ sung men tiêu hóa dưới dạng thuốc xem như chúng ta đã bổ sung từ ngoài vào giúp cơ thể tiêu hóa thức ăn, vì thế chỉ dùng khi thật sự cần thiết. Không lạm dụng vì dùng dài ngày sẽ gây tác hại ngược do lượng men tiêu hóa được cung cấp nhiều từ bên ngoài trong thời gian dài sẽ ức chế các tuyến tiết ra men tiêu hóa nội sinh có trong cơ thể.
Hiện nay có một số phụ huynh lạm dụng cho trẻ dùng quá đà thuốc Neopeptine vì lầm tưởng thuốc làm tăng cân. Như đã nói, thuốc không có tác dụng làm tăng cân mà chỉ giúp trẻ thiếu men tiêu hóa ăn uống tốt hơn, khi dùng thuốc lưu ý vẫn ăn uống đầy đủ chất dinh dưỡng mới mong tăng cân.
Chỉ dùng thuốc khi thật cần thiết để tránh lệ thuộc vào thuốc không tiết đủ men tiêu hóa, thông thường chỉ dùng không quá 7-10 ngày, ngưng dùng thuốc 7-10 ngày nếu muốn tiếp tục dùng lại. Các phụ huynh có thể cho trẻ dùng thử thuốc trong một thời gian, nếu thấy trẻ ăn uống tốt thì tiếp tục dùng, còn không thấy cải thiện thì không dùng.
Men vi sinh
Nghĩa thứ hai của men tiêu hóa được chỉ chế phẩm chứa các vi sinh vật có ích khi uống vào nhằm cải thiện sự cân bằng của hệ tạp khuẩn ruột và có lợi ích cho sức khỏe người dùng. Trong trường hợp này không nên gọi là men tiêu hóa mà gọi là men vi sinh, hay theo tiếng nước ngoài đã thành thông dụng là probiotic. Probiotic có nguồn gốc vi sinh vật và có nghĩa là trợ sinh.
Trong ruột con người hiện diện rất nhiều loại vi khuẩn tạo thành quần thể gọi là tạp khuẩn ruột. Trong tạp khuẩn ruột, ngoài vi khuẩn gây bệnh còn có vi khuẩn có ích. Chính các vi khuẩn có ích giúp tiêu hóa tốt thức ăn, tiêu sạch và tái hấp thu phần thức ăn còn sót lại ở ruột già, giúp tổng hợp một số vitamin nhóm B, vitamin K…, đặc biệt giúp cân bằng với vi khuẩn có hại, làm vi khuẩn có hại không tăng sinh phát triển quá đáng gây bệnh.
Nếu vì lý do nào đó (như vệ sinh an toàn thực phẩm quá kém, uống nhiều bia rượu, dùng thuốc - đặc biệt là kháng sinh, stress...), sự cân bằng trong hệ tạp khuẩn ruột bị đảo lộn sẽ đưa đến rối loạn đường ruột, thể hiện: tiêu chảy, khó tiêu, trướng bụng, giảm khả năng hấp thu chất dinh dưỡng…
Men vi sinh có trong thực phẩm như sữa chua, dưa chua, kim chi... đã được dùng từ lâu đời cho thấy an toàn và có lợi cho hệ tiêu hóa, tuy nhiên có khi không đủ lượng khi bị mất cân bằng quá đáng tạp khuẩn ruột, khi đó sẽ dùng chế phẩm men vi sinh. Các chủng vi sinh vật được dùng bào chế men vi sinh phải an toàn và được công nhận có tác dụng chữa trị hiệu quả như Lactobacillus acidophilus, L. casei, L. ramonosus, Bacillus longum, B. breve, B. lactis...
Hiện nay, phần lớn men vi sinh lưu hành trên thị trường thuộc loại thực phẩm chức năng. Nếu được chọn chủng tốt, nhất là các chủng có nguồn gốc từ người (phân lập từ ruột) cũng an toàn như thực phẩm. Tuy nhiên vì lượng vi khuẩn đưa vào sản phẩm cao (hàng trăm triệu đến hàng tỉ), nên để an toàn phải sử dụng đúng theo liều lượng chỉ dẫn của nhà sản xuất và nhớ “thực phẩm chức năng không được xem là thuốc, không có tác dụng thay thế thuốc”.
Một vài trường hợp men vi sinh sử dụng chủng vi sinh vật không thường trú trong ruột như dạng bào tử và nấm men thì không dùng lâu dài. Lưu ý không dùng men vi sinh khi bị viêm tụy cấp, phẫu thuật ruột...